Na een eerste aanslag in 1945 werd de IJzertoren in de nacht van 15 op 16 maart 1946 volledig verwoest. Na onderzoek werden de verdachten bij gebrek aan bewijs weer vrijgelaten. De Gentse procureur-generaal kreeg straf omdat hij het vinden van de daders zou verhinderd hebben.
Een zinsnede uit een gedicht van Anton van Wilderode, gegraveerd op een koperen plaat bij de ingang van de Crypte, klaagt duidelijk deze aanslag aan: “Op 16 maart 1946 werd deze toren vakkundig, efficiënt, naamloos en toch gekend gedynamiteerd en neergehaald.”.
Bij dit puin organiseerden studentenverenigingen en andere jeugdbewegingen in 1946 een “Jeugdbedevaart voor Eerherstel”.
Na de beschadiging van grafzerken in 1918 en de vernieling ervan in 1925, werd deze dynamitering omschreven als “de derde grafschennis”.